宠物医院污水中含有大量细菌、病毒、寄生虫卵、宠物粪便及有毒有害物质，有的可能含有放射性，但污水量少特点。

宠物医院污水处理工艺一般采用生物接触氧化+沉淀+消毒工艺，即A/O工艺处理。污水中氨氮转换成亚硝态氮、硝态氮，再通过反硝化菌作用把硝态氮转换成氮气，从污水中脱氮。要点是注重污水、污泥的杀菌消毒方式。关键是杀灭病原菌。宠物医院一般占地面积较小，而传统的污水处理工艺需要的占地面积比较大,加上工艺复杂,一次性投资、运行费用高。

宠物医院污水处理可采用多级过滤+膜处理+消毒工艺
宠物医院污水经格栅清除悬浮物、药棉、纱布及粪便杂物后进入污水调节池。污水调节池内加臭氧消毒,然后经过加压进入粗效过滤器,去除小颗粒SS,再经过过滤器, 去除超细颗粒，经活性碳吸附去除部分废水中的有机物,　再过超滤和RO反渗透；消毒后，可达标排放。

消毒可分为紫外线消毒、氯化物或臭氧等。
臭氧是一种强氧化剂，氧化能力高于氯和二氧化氯，能破坏分解细菌的细胞壁，很快地扩散透进细胞内，氧化分解细菌内部氧化葡萄糖所必须的葡萄糖氧化酶等，也可以直接与细菌、病毒发生作用，破坏细胞、核糖核酸（RNA），分解脱氧核糖核酸（DNA）、RNA、蛋白质、脂质类和多糖等大分子聚合物，使细菌的代谢和繁殖过程遭到破坏。细菌被臭氧杀死是由细胞膜的断裂所致，这一过程被称为细胞消散，是由于细胞质在水中被粉碎引起的，在消散的条件下细胞不可能再生。但是，与次氯酸类消毒剂不同，臭氧的杀菌能力不受PH值变化和氨的影响，其杀菌能力比氯大600-3000倍，它的灭菌、消毒作用几乎是瞬时发生。